W 2003 został profesorem zwyczajnym.

W latach 1996–2007 był dyrektorem Instytutu Pedagogiki UMK w Toruniu, a po jego przekształceniu w Wydział Nauk Pedagogicznych, przez dwie kadencje pierwszym dziekanem tej jednostki. Dwukrotnie wybrany do pełnienia tej funkcji jednogłośnie. W latach 1998–2007 był członkiem Komitetu Nauk Pedagogicznych PAN.

Zajmuje się głównie pedagogiką ogólną, teorią szkoły, teoriami rozwoju człowieka ze szczególnym uwzględnieniem dzieciństwa. Jest autorem koncepcji pedagogii źródeł. Wypromował 16 doktorów. Brał udział w ok. 100 przewodach doktorskich, habilitacyjnych i profesorskich. Opublikował 23 książki i ponad 100 artykułów. Tłumaczenia jego prac ukazały się m.in. w Australii, Rosji, Bułgarii, Ukrainie, Anglii, Słowacji, Izraelu, Meksyku. W 1989 założył eksperymentalne liceum ogólnokształcące „Szkoła Laboratorium” (wcześniej „Poltech”), którego został dyrektorem.

W październiku 2015 został członkiem Narodowej Rady Rozwoju powołanej przez prezydenta Andrzeja Dudę. W 2016 wszedł do Rady Narodowego Kongresu Nauki.

W 2019 Nalaskowski został zawieszony za felieton nazywający osoby LGBT gwałcicielami, jednak sprawa została umorzona. Nalaskowski odniósł się obszernie do tej sytuacji w książce "Wielkie Zatrzymanie.