W wyborach samorządowych w 2002 z powodzeniem ubiegał się o urząd prezydenta miasta w wyborach bezpośrednich.
Podejrzany o udział w nieprawidłowościach przy prowadzeniu miejskich inwestycji budowlanych, w październiku 2004 został zatrzymany przez funkcjonariuszy Agencji Bezpieczeństwa Wewnętrznego, a następnie tymczasowo aresztowany, nie zrezygnował z zajmowanego stanowiska. W styczniu 2005 areszt zamieniono na poręczenie majątkowe w wysokości 100 tys. zł. Po uchyleniu tego środka powrócił do obowiązków prezydenta, zawiesił członkostwo w SLD. Przeprowadzone referendum w sprawie jego odwołania okazało się niewiążące ze względu na niską frekwencję.
W wyborach samorządowych w 2006 ponownie wystartował na urząd prezydenta miasta jako kandydat niezależny (prokurator nie skierował do tego czasu aktu oskarżenia w związku z toczącym się od 2004 śledztwem). W wyborach uzyskał 50,6% poparcia (18 575 głosów), wygrywając w pierwszej turze. Akt oskarżenia przeciwko niemu (z zarzutami m.in. poświadczenia nieprawdy i nadużyciem uprawnień) oraz innym osobom zamieszanym w tzw. gorzowską aferę budowlaną został skierowany do sądu w maju 2007. W sierpniu tego samego roku Tadeusz Jędrzejczak odszedł z SLD.