Rynna Byszewska znajduje się na dwóch genetycznie różnych obszarach: w części północnej na sandrze Brdy, głębokość rynny 20–25 m; w części południowej na wysoczyźnie morenowej Pojezierza Krajeńskiego, głębokość do 50 m. Powierzchnia sandru Brdy na granicy z Pojezierzem zalega 20–24 m niżej niż wysoczyzna morenowa. Powoduje to, że odcinek sandrowy rynny jest 20 m płytszy od wysoczyznowego i trzykrotnie od niego węższy. Dolna część rynny byszewskiej, zakonserwowana w epoce lodowcowej przez lód zimowy, przypomina krętą rzekę subglacjalną, natomiast jej część górna (na wysoczyźnie morenowej) ma prostolinijny przebieg i szerokość dochodzącą do 2 km.
Charakterystyka Obszar krajobrazu chronionego obejmuje ciąg polodowcowych jezior rynnowych, połączonych rzeką Krówką. Przepływ wód następuje z południa na północ. Na północnym wschodzie łańcuch jezior łączy się z Zalewem Koronowskim, przez który przepływa rzeka Brda.