Uchwała rosyjskiej Dumy Państwowej (2003) W 2003 roku rosyjska Duma Państwowa podjęła uchwałę, w której wyraziła oburzenie z powodu cofnięcia przez MAK certyfikatu rosyjskiemu samolotowi Ił-86; w uchwale stwierdzono m.in., że połączenie przez Międzypaństwowy Komitet Lotniczy funkcji certyfikacji statków powietrznych i badania przyczyn katastrof lotniczych doprowadziło do tego, że główną przyczyną większości wypadków stał się, według komitetu, "czynnik ludzki", a nie pogorszenie stanu technicznego samolotów, co prowadzi do przerzucania winy za wypadki na członków załóg statków powietrznych. W uchwale tej Duma postulowała likwidację komitetu i zastąpienie go przez organy państwowe.
Kontrowersje po katastrofie armeńskiego Airbusa A-320 (2006) Do kolejnych kontrowersji doszło w 2006 roku, po zakończeniu badania przez MAK przyczyn katastrofy Airbusa A-320 armeńskich linii lotniczych Armavia; armeński przewoźnik nie zgodził się wówczas z wnioskami komitetu, a MAK oskarżano o zatajenie dowodów dotyczących błędów obsługi lotniska i fatalnego stanu technicznego portu lotniczego.