Jak ważnym i naglącym przedsięwzięciem była rozbudowa armii, miało się okazać w piątym roku panowania, kiedy to nastąpił najazd na tereny Delty, koalicji plemion libijskich i indoeuropejskich, zwanych Ludami Morza. Do decydującej bitwy doszło w 1208 r. p.n.e., prawdopodobnie na terenach położonych na północny zachód od Memfis. Bitwa zakończyła się całkowitym zwycięstwem Egipcjan, którzy zmusili wrogów do ucieczki z pola bitwy. Rozproszone resztki wrogiej armii dopadła i wycięła w pień egipska jazda. Libijczycy pozostawili na polu około 6000 zabitych. Przebieg bitwy znany jest dzięki inskrypcjom w Karnaku.
Wkrótce po zwycięstwie na północy, Merenptah, kolejną wyprawę wojenną poprowadził przeciwko zbuntowanej Nubii. Zreorganizowane i zaprawione w boju wojska szybko i z bezwzględnością stłumiły wszelkie ogniska buntu. Do szóstego roku panowania Merenptah zdecydowanie, wręcz z bezwzględnością, utwierdził egipskie panowanie na obszarze całego Imperium. Ukarał zbuntowaną Nubię, odparł Libijczyków i Ludy Morza, utrwalił zależność Kanaanu i utrzymywał pokój, zawarty z Hetytami.