W latach 90. powrócił do czynnej polityki krajowej stając się jednym z liderów Frontu Wyzwolenia Narodowego.
Z poparciem wojska i związków zawodowych wystartował w wyborach 15 kwietnia 1999. W kampanii wyborczej obiecywał doprowadzenie do zakończenia trwającej wojny domowej. Zwyciężył w pierwszej turze wyborów prezydenckich uzyskując 73,8% głosów. 27 kwietnia 1999 oficjalnie objął urząd zastępując prezydenta Liamine Zérouala. Głównym zadaniem początków prezydencji Buteflika było przywrócenie pokoju i zwalczenie terrorystycznego fundamentalizmu islamskiego. Nowo wybrany prezydent postanowił zaprowadzić porządek metodami pokojowymi. Świeżo po wyborach ogłosił on chęć przeprowadzenia amnestii dla rebeliantów którzy dobrowolnie złożą broń. Propozycja prezydenta została poddana pod głosowanie w referendum, program pojednania narodowego poparło 98% wyborców. Amnestia przyczyniła się do wygaśnięcia konfliktu i rozpuszczenia się grup rebelianckich. W 2000 roku doszło do samorozwiązania partyzanckich armii. Walkę z rządem kontynuowała zaledwie garstka najbardziej radykalnych islamistów oraz powstała później lokalna siatka Al-Ka’idy. Po zakończeniu konfliktu funkcjonowanie partii fundamentalistycznych w dalszym ciągu pozostało zakazane a wojsko pozostawiło w swoich rękach duży stopień władzy.