Charakterystyka Celem ochrony w rezerwacie jest bogata awifauna lęgowa. Ma tu swoje lęgowiska: nurogęś, strumieniówka, derkacz, zimuje para bielikówMarcysiak Katarzyna: Ochrona przyrody – Bydgoszcz i okolice. [w.] Banaszak Józef red.: Przyroda Bydgoszczy. Wydawnictwo Akademii Bydgoskiej im. Kazimierza Wielkiego, Bydgoszcz 2004. .
Obszar jest miejscem żerowania rzadkich gatunków ptaków takich jak: bocian czarny, kania ruda, kania czarna, rybołów, zimorodek. Mała Kępa wraz z rezerwatami: Wielką Kępą Ostromecką i Lasem Mariańskim, stanowi korytarz ekologiczny dla wędrujących wzdłuż brzegu Wisły ptaków wróblowatych i leśnych.
W drzewostanie projektowanego rezerwatu i jego otoczenia dominują topole: biała i czarna, a także wierzby, jesiony i wiązy. Znajdują się tu skupiska starych topól o imponujących rozmiarach (średnica nawet do 710 cm), które uznano pomnikami przyrody. Znalazło się wśród nich 17 okazów drzew: 5 topoli białych (obwód w pierśnicy 380–560 cm), 11 topoli czarnych (405–720 cm), wierzba biała (400 cm). Występujące starorzecza utrudniają przebycie tego terenu.