W 2004 r. ukształtowała się obecna struktury firmy. Rail Polska połączyła się bowiem formalne z Zec Trans i Kolex w jedną spółkę, a dotychczasowi dwaj niezależni przewoźnicy zostali przekształceni w dwa zakłady Rail Polska Region Południe i Rail Polska Region Dolny Śląsk.
Charakterystyka Rail Polska świadczy usługi przewozowe transportem kolejowym. Realizuje przewozy całopociągowe towarów masowych oraz przewozy z przekroczoną skrajnią. Zajmuje się pełną obsługą bocznic kolejowych i formowaniem składów pociągowych. Wydzierżawia lokomotywy, wagony i cysterny. Zajmuje się naprawą i modernizacją taboru kolejowego.
W ramach firmy działają cztery jednostki organizacyjne: Zakład Przewozów Kolejowych, Zakład Taboru Kolejowego, Region Południe i Region Dolny Śląsk. Zakład Przewozów Kolejowych świadczy usługi przewozowe z wykorzystaniem własnego taboru kolejowego; Zakład Taboru Kolejowego zajmuje się bieżącą obsługą, przeglądami i naprawami; Region Południe, powstały na bazie majątku firmy Kolex, zajmuje się obsługą bocznicy kolejowej we Włosienicy;