W 1985 uzyskał stopień doktora habilitowanego Instytucie Geofizyki PAN za pracę o ruchu turbulencyjnym. Specjalizował się w badaniu turbulencji atmosferyBorkowski, J., The wind profile and turbulent diffusion in a stable surface laser of the atmosphere, Acta Geophys. Pol., 12, 199-203, 1964.. W tym czasie był pod dużym wpływem prac George’a Batchelora. Przestał zajmować się tematyką turbulencji po wprowadzeniu do fizyki atmosfery symulacji dużych wirów.
Po śmierci Anieli Łosiowej zajął się badaniami zmiennością promieniowania UV w atmosferzeKrzyścin J., Borkowski J., 2008. Variability of the total ozone trend over Europe for the period 1950-2004 derived from reconstruction data, Atmos. Chem. Phys. 8, 2847-2857Borkowski J., 2008. Reconstruction of daily total ozone over Europe since 1950 and variability of the total ozone trend, in: Selected Research Findings from the Institutes of the Polish Academy of Sciences. Earth Sciences, pp. 66-68, Warsaw 2008Borkowski, J., Metoda oceny skutków zasiewania chmur gradowych, Przeg. Geofiz., 10, 203-206, 1965..
W 1988 otrzymał Złoty Krzyż Zasługi. Był w komitecie redakcyjnym Acta Geophysica Polonica, oraz był edytorem Acta Geophysica.