Działalność Podstawowym celem Federacji jest upowszechnianie myśli protestanckiej w społeczeństwie hiszpańskim. Działania Federacji poza współpracą wewnątrzprotestancką, w ramach której odbywają się wspólne nabożeństwa, konferencje i zjazdy, obejmują także inicjatywy dobroczynne realizowane przez własną organizację diakonijną – Diakonię Hiszpanii oraz ekumeniczne, jak współpraca z Serbskim Kościołem Prawosławnym w Hiszpanii.
Federacja posiada własną produkcję telewizyjną – Buenas Noticias TV (Telewizja Dobra Nowina), która zajmuje się także produkcją audycji radiowych.
Organizacja i struktura Każda parafia i zbór kościoła sfederowanego przynależy automatycznie do jednego z szesnastu rad regionalnych Federacji, które pozostają w znacznym stopniu autonomiczne względem siebie, posiadając władze z własnego wyboru, niezależność działania, wolność inicjatyw, czy prawo do własnych symboli, np. graficznych: