Dywizji Kawalerii w Paryżu i awansowany do stopnia porucznika. W 1889 r. został adiutantem dyrektora arsenału rządowego Établissement de Bourges i awansowany na kapitana.
18 kwietnia 1891 roku poślubił 20-letnią Lucie Eugénie Hadamard (1870–1945). Mieli dwoje dzieci, Pierre’a (1891–1946) i Jeanne (1893–1981). Trzy dni po ślubie Dreyfus został przyjęty do École spéciale militaire de Saint-Cyr, wiodącej francuskiej szkoły wojskowej, którą ukończył dwa lata później z dziewiątą lokatą i wyróżnieniem. Po tym został wyznaczony na stażystę w sztabie Sztabu Generalnego Armii Francuskiej, gdzie był jedynym żydowskim oficerem. Podczas egzaminu Kolegium Wojennego w 1892 r. jeden z członków panelu, generał Bonnefond, nisko ocenił Dreyfussa, uważając, że Żydzi nie są pożądani w sztabie. Podobnie został oceniony inny oficer, porucznik Georges Picquart. Obaj oficerowie złożyli protest do dyrektora szkoły, generała Lebelin de Dionne, który wyraził żal, ale nie podjął żadnych działań w tej sprawie. Mimo to armia francuska nie była uprzedzona w kwestii pochodzenia wojskowych, służyło w niej wówczas ok. 300 żydowskich oficerów, z czego dziesięciu było generałami.
Oskarżenie o szpiegostwo