W wyborach w 2001 bez powodzenia kandydował do Sejmu z ramienia Platformy Obywatelskiej (w ramach porozumienia wyborczego UPR z PO), startując jako kandydat UPR z ostatniego miejsca na liście okręgowej.
W lutym 2002 został zatrzymany przez funkcjonariuszy CBŚ, a następnie tymczasowo aresztowany pod zarzutem rzekomego łapownictwa. Był podejrzany, że w drugiej połowie 1998, będąc wiceprezydentem Krakowa, przyjął korzyść majątkową w wysokości 20 tysięcy złotych w zamian za przyspieszenie wykwaterowania mieszkańców krakowskiej oficyny. Stanisław Żółtek został zwolniony po czterech miesiącach. W tym samym roku ponownie kandydował z ramienia UPR w wyborach samorządowych – tym razem do sejmiku małopolskiego (lista UPR nie przekroczyła progu wyborczego). W październiku 2006 został uniewinniony od popełnienia zarzucanych mu czynów. W czerwcu 2010 zasądzono na jego rzecz odszkodowanie w wysokości 120 tysięcy złotych za niesłuszne aresztowanie.