W 1607 roku katolicy odzyskali kościół, a od strony północnej dobudowano kaplicę św. Anny. W 1636 roku kościół i miasto zostały zniszczone podczas pożaru, ale w tym roku ks. Jan Filipowicz odbudował kościół i dobudował wieżę. W 1640 roku Anna Gorajska przy kościele ufundowała kolegium Mansjonarzy. Kościół ponownie był zniszczony w 1657 roku przez najazd Rakoczego i w 1672 roku przez Tatarów. 14 maja 1684 roku bp Jan Dębski, dokonał konsekracji kościoła pw św. Mikołaja. W 1751 roku został utworzony dekanat pruchnicki. W 1770 roku ufundowano ołtarz głównyKościół parafialnyRocznik Archidiecezji Przemyskiej 1997. Album (s. 304-305) .
Na terenie parafii jest 4420 wiernych (w tym: Pruchnik, Hawłowice)Rocznik Archidiecezji Przemyskiej 2015 (s. 217-218) .
Kościoły filialne Pruchnik Górny – w sierpniu 1984 roku rozpoczęto budowę kościoła filialnego, według projektu arch. mgr inż. Danuty Chałupskiej i konstruktora mgr inż. Tomasza Michalskiego. 20 sierpnia 1989 roku bp Ignacy Tokarczuk poświęcił kościół pw. Matki Bożej Królowej. Hawłowice – w 1947 roku dawną cerkiew zaadaptowano na kościół filialny.