W skład nowej ekspozycji, którą zaaranżowali mgr Jacek Łapott i mgr Jolanta Koziarowska, wchodzą eksponaty związane z kulturą materialną i sztuką Tuaregów. Są to rzeźby wykonane w drewnie i metalu, broń, instrumenty muzyczne, biżuteria, kolekcja masek oraz wyroby tkackie i wyroby ze skóry, rękodzieło plemion Czarnej Afryki, żyjących nad Zatoką Gwinejską oraz Kotliną Konga.
W 2005 roku całą ekspozycję – liczącą około 1000 eksponatów – przeniesiono do nowo odremontowanych pomieszczeń znajdujących się w tym samym budynku przy ul. Szpitalnej 32. Autorami aranżacji nowej ekspozycji są Elżbieta Banyś–Sowula oraz Klaudia Zub. Prezentowana ekspozycja podzielona została na działy dotyczące kultury Afryki, jej przyrody, sztuki, geologii i archeologii.
Darowizny prof. dr hab. Anny i pilota Leona Kubarskich czynione sukcesywnie na rzecz muzeum od 2001 roku zaowocowały otwarciem w lutym 2007 roku odrębnego działu pn. Kolekcja sztuki i malarstwa Czarnej Afryki im. prof. dr hab. Anny i Leona Kubarskich. Obecnie kolekcja liczy ponad 900 obiektów: obrazy,