Po zakończeniu zimnej wojny jednostki marynarki australijskiej uczestniczyły w I wojnie w Zatoce Perskiej w latach 1990−1991, operacjach międzynarodowych w Timorze Wschodnim w latach 1999−2000 i na Wyspach Salomona w 2003 roku oraz II wojnie w Zatoce Perskiej.
W 2019 roku w skład Royal Australian Navy wchodzi ponad 50 jednostek pływających, w tym niszczyciele rakietowe typu Hobart, fregaty rakietowe typu ANZAC, okręty podwodne typu Collins, okręty desantowe, patrolowce, niszczyciele min i liczne jednostki pomocnicze. Od 2014 roku dowódcą Royal Australian Navy jest wiceadmirał Tim Barrett.
Początki thumb|HMAS „Australia” na czele okrętów Royal Australian Navy w porcie w Sydney 4 października 1913 Przed powstaniem Związku Australijskiego w 1901 roku, obrona kolonii opierała się na posiadanych przez nie własnych siłach morskich oraz wydzielonym zespole okrętów Royal Navy, stacjonującym na stałe w Sydney. Pięć z sześciu australijskich kolonii utworzyło własne marynarki wojenne. Były to: Nowa Południowa Walia, Queensland, Australia Południowa, Tasmania i Wiktoria (Australia Zachodnia dysponowała jedynie własnym oddziałem artylerii nadbrzeżnej). Składały się one przede wszystkim z niewielkich jednostek przeznaczonych głównie do patrolowania wód przybrzeżnych. Stała obecność okrętów brytyjskich w Australii datuje się od 1821 roku.