Nie wiadomo co się stało z rozpoczętą budową - prawdopodobnie została zniszczona przez protestantów. Za króla Władysława IV, na wniosek posłów z Prus Królewskich, sejm warszawski w 1638 r. uchwalił prawo do zakupu dóbr ziemskich przez chojnickich jezuitów za sumę 30000 florenów. W 1640 r. został wzniesiony drewniany kościół oo. Jezuitów, spalony 5 sierpnia 1712 r. Budowa kościoła Dnia 29 lipca 1712 została podpisana umowa między superiorem rezydencji jezuickiej O. Maciejem Szymańskim a Radą Miejską i społeczeństwem Miasta Chojnice, w jej wyniku jezuici weszli po raz pierwszy w posiadanie części gruntu z obszaru dworu miejskiego. Po spłonięciu kościoła drewnianego Sejmik Generalny Prus Królewskich na swoim posiedzeniu w Malborku w dniu 22 maja 1713 r. przyznał jezuitom w formie darowizny 2000 florenów na odbudowę kościoła w Chojnicach. Jezuici przystąpili do budowy nowego, tym razem murowanego kościoła, który istnieje do dziś. Przez dłuższy czas arcybiskup gnieźnieński Stanisław Szembek nie chciał pozwolić na budowę kościoła ze względu bliskość cmentarza i kościoła farnego. Dopiero kanonik gnieźnieński i oficjał kamieński skłonił arcybiskupa do udzielenia zgody na położenie kamienia węgielnego. 28 lipca 1718 o godz.