W 1862 ponownie został mianowany burmistrzem miasta. Zaangażował się wówczas w działalność niepodległościową, wspierając prace ławy obwodowej stronnictwa czerwonych. Po wybuchu powstania styczniowego zajmowała się ona organizowaniem dostaw broni, wyposażenia i pieniędzy walczącym. 9 kwietnia 1864, po serii rewizji przeprowadzonych przez władze austriackie, Józef Pędracki został oskarżony o uczestnictwo w tajnej organizacji i ponownie zdymisjonowany. Na stanowisku burmistrza zastąpił go wtedy Edward Ganszer.
W listopadzie 1866 Józef Pędracki został po raz trzeci mianowany burmistrzem Tarnowa, stając się w ten sposób ostatnim z nadania rządu w Wiedniu. W marcu 1867 przeprowadzono pierwsze autonomiczne wybory do Rady Miejskiej. Po jej ukonstytuowaniu Józef Pędracki odszedł ze stanowiska, ustępując je Wojciechowi Bandrowskiemu, pierwszemu burmistrzowi doby autonomicznej. Pracował nadal w samorządzie, jako asesor i radca magistratu, zaś od 1872 zarządca propinacji. Na tle koncepcji zarządu propinacją starł się wtedy ostro z radnym Karolem Kaczkowskim i jego stronnictwem, co doprowadziło do poważnego podziału w Radzie Miejskiej.