Po śmierci W.A. Mozarta w 1791 roku jego żona Konstancja przekazała mu rękopis Requiem. Eybler pracował przez jakiś czas nad utworem wykończając w „duchu Mozarta” partie orkiestrowe pięciu części utworu: Dies Irae, Tuba mirum, Rex tremende, Recordare, ConfutatisGuy Wagner – Brat Mozart. Wolnomularstwo w osiemnastowiecznym Wiedniu, Wydawnictwo Ureus, Gdynia 2001, s.178-181.. Po jakimś czasie oddał wdowie niedokończoną partyturę, która przekazała ją F.X. SüssmayrowiOpracowania Eyblera zostały całkowicie zignorowane przez F.X. Süssmayra; Guy Wagner – Brat Mozart. Wolnomularstwo w osiemnastowiecznym Wiedniu, Wydawnictwo Ureus, Gdynia 2001, s.181..
W 1792 roku Eybler został dyrygentem chóru w Kościele Karmelitów w Wiedniu, a w 1794 objął takie samo stanowisko w bardziej znanym opactwie Schotten w Wiedniu, które piastował przez kolejnych 30 lat. Jednocześnie od 1801 roku był nauczycielem muzyki na dworze wiedeńskim (być może za wstawiennictwem J. Haydna lub jego patronki – cesarzowej Marii Teresy). W 1804 roku na zlecenie Marii Teresy Eybler skomponował Requeim c-moll. Prawdopodobnie sukces Requiem spowodował, że w 1804 roku Eybler został wicekapelmistrzem dworskim.