Ostatnim proboszczem był ks. Seweryn Wiszniewski, który 8 marca 1864 roku w wyniku represji za udział miejscowej ludności w powstaniu styczniowym, został przez władze carskie osadzony w więzieniu w Wołkowysku, gdzie 27 kwietnia 1864 roku zmarł.
W 1865 roku na mocy ukazu carskiego parafia została skasowana, a nieukończone mury budowanego kościoła zostały przekazane prawosławnym, którzy ukończyli budowę z przeznaczeniem na cerkiew. W 1866 roku wiernych przyłączono do parafii w Świsłoczy. Od 19 października 1867 roku odbywały się wielokrotne zebrania katolików i prawosławnych z petycjami o wznowienie katolickiej parafii. W 1903 roku wierni zgłosili prośbę o budowę kościoła według starych planów.
Utworzenie parafii 17 kwietnia 1905 roku został wydany carski ukaz tolerancyjny i wierni uzyskali zgodę na utworzenie parafii, a pierwszym administratorem w Jałowce został ks. Antoni Piątkowski. Najpierw zbudowano drewnianą tymczasową kaplicę, którą 8 maja 1906 roku poświęcono. W 1907 roku bp wileński Edward von Ropp reaktywował parafę pw. św. Antoniego Padewskiego. W latach 1910–1915 zbudowano murowany kościół w stylu neogotyckim pw. św. Antoniego Padewskiego, który w 1919 roku został poświęcony przez dziekana wołkowyskiego ks. Nikodema Tarasewicza.