Sonderfahndungsbuch Polen (Specjalna księga Polaków ściganych listem gończym) znalazły się nazwiska 290 osób z terenu Wolnego Miasta Gdańska, 53 osób z Gdyni i 56 osób z Tczewa.. Stan wstępnych przygotowań do eliminacji „wrogich elementów” w Gdańsku omawiano na zwołanej przez Trögera specjalnej naradzie, która odbyła się w czerwcu 1939 w siedzibie gdańskiej policji politycznej.
Udział w Intelligenzaktion 12 września 1939, niespełna dwa tygodnie po wybuchu II wojny światowej, dr Tröger objął dowództwo świeżo utworzonego Einsatzkommando 16 (EK 16) – specjalnej grupy operacyjnej (Einsatzgruppen) niemieckiej policji bezpieczeństwa i służby bezpieczeństwa, która działała w pierwszych miesiącach okupacji na zajętych przez Wehrmacht terenach Wolnego Miasta Gdańska i Pomorza Nadwiślańskiego. O jednostce tej niemiecki historyk Dieter Schenk pisał później, iż: „Komando 16 w Gdańsku ze swoimi rozmaitymi podgrupami było po prostu plutonem egzekucyjnym, którego zadanie polegało tylko na tym, aby realizować żądanie szefa policji bezpieczeństwa i SD (Heydricha) codziennego zwiększania liczby egzekucji”.