5 listopada 1860 został wyznaczony na głównego komisarza cesarskiego i wysłany z niemal trzydziestotysięczną armią przeciw Nian. Po początkowej klęsce pod Leshan (1860), Senge Rinchen osiągnął pewne sukcesy w walce z rebeliantami. Wygrawszy w 1862 bitwę pod Bozhou zmusił do kapitulacji Nian znad rzeki Wu i ruszył na południe. Okrążywszy po zaciętych walkach oddziały Zhang Lexinga, w 1863 dostał go w swoje ręce i stracił, podobnie jak kilkunastu innych przywódców. Zdarzenie to rzuca cień na postać księcia, jako że stracił on zarówno Zhanga, jak i grupę powstańców, którzy go schwytali i pragnęli się poddać, wydając swego dawnego przywódcę.
Nie zdążył skonsolidować panowania nad ledwo podbitym terytorium Nian, ponieważ musiał ruszyć na Szantung. Tam okrążył i zdławił powstanie Liu Depeia, lokalnego uczonego konfucjańskiego, który zbuntował się przeciw wysokim podatkom i ustanowił własną administrację. Następnie zwrócił się przeciw sekcie, której przewodził Song Jipeng (wywodzącej się z Sekty Białego Lotosu), masakrując ponad 30 tys. jej zwolenników. W obu starciach wykazał się sprawną organizacją działań oblężniczych. Potem zniszczył siły dwóch lokalnych watażków, którzy kilkukrotnie przechodzili ze strony powstańców na rządową, tylko po to by się ponownie zbuntować: Songa Zhinshi i Miao Peili (1863).