Następnie pracował w Katolickim Stowarzyszeniu „Civitas Christiana” i jako doradca rady miejskiej Białegostoku.

Po wyborach parlamentarnych w 1997 i utworzeniu rządu Jerzego Buzka objął funkcję dyrektora Departamentu Nadzoru i Kontroli Ministerstwa Spraw Wewnętrznych i Administracji, a od listopada 1998 do września 1999 był podsekretarzem stanu w tym resorcie. Pracował później w charakterze eksperta w zakresie bezpieczeństwa, audytu wewnętrznego i ochrony informacji niejawnych, m.in. w Trusted Information Consulting, Lukas Banku, Invest-Banku oraz PTC.

W wyborach parlamentarnych w 2001 bez powodzenia kandydował do Sejmu z listy Platformy Obywatelskiej w okręgu białostockim. Od 2003 do 2005 był członkiem rady krajowej tego ugrupowania.

Od 16 listopada 2007 pełnił obowiązki szefa Agencji Bezpieczeństwa Wewnętrznego, 16 stycznia 2008 mianowany szefem ABW. 9 listopada 2010 został mianowany na stopień generała brygady w korpusie oficerów ABW.. 2 stycznia 2013 poinformowano, że podał się do dymisji, która została przyjęta przez Prezesa Rady Ministrów, co wszczęło procedurę odwoławczą.