Na początku XVII w. wskutek sporów o tzw. pierworodztwo papież Paweł V w bulli Militantis Ecclesiae z 15 XI 1608 (a w 1627 r. także papież Urban VIII), uznał kapucynów za prawdziwych Braci Mniejszych i autentycznych synów św. Franciszka. Wreszcie papież Paweł V w bulli Alias felicis recordationis z 23 stycznia 1619 r. udzielił kapucynom pełnej niezależności i autonomii. Miało to wymiar nie tylko symboliczny (uwolniono kapucynów spod patronatu Braci Mniejszych Konwentualnych), ale również prawny. Od tej pory, zakon mógł swobodnie wybierać generała zakonu, a nie jedynie wikariusza generalnego. Tę datę uznaje się za oficjalne zatwierdzenie kapucynów jako wspólnoty zakonnej.
Kapucyni zachęceni do działania, założyli swoje placówki w Syrii (1625), w krajach Ameryki Południowej i Centralnej (1632-35), Etiopii (1637), Kongo (1645) i Indiach Wschodnich (1640). W tym czasie istniały już 42 prowincje i 1192 domów zrzeszających 16966 zakonników. W 1761 roku kapucyni mieli już 64 prowincje oraz 1730 domów zakonnych różnej rangi. W zakonie była wtedy największa ilość członków – 34029 zakonników. Mimo znaczenia zakonu oraz dobrej reputacji jego członków, pojawiają się trudności spowodowane oświeceniowymi nurtami (m.in. racjonalizm, naturalizm) nie sprzyjającymi życiu zakonnemu.