Tausen uważał, iż niszczenie starych kościołów było błędem i opowiadał się za systemowymi zmianami w celu zreformowania kościoła.
W 1533 zmarł król Fryderyk I a parlament duński na posiedzeniu w Viborgu ogłosił królem jego syna Chrystiana III. Jednakże Rada Stanu, mianowana przez katolickich biskupów, odmówiła zatwierdzenia tego wyboru i wezwała hrabiego Christopha von Oldenburg, nalegając aby przywrócił on na tron bratanka zmarłego króla, katolickiego Chrystiana II, zdetronizowanego przezeń w 1523. W efekcie doszło do wojny wyznawców katolicyzmu ze zwolennikami luteranizmu. Pomimo niesprzyjających okoliczności Chrystian III wyszedł zwycięsko z konfliktu i latem 1536 aresztował kilku biskupów, wtrącając ich do więzienia; kiedy został uwięziony ostatni katolicki biskup Århus, Ove Bilde, Dania oficjalnie stała się krajem luterańskim.
W 1642 w wieżę uderzył piorun i wywołał jej pożar, który zniszczył kilka historycznych dzwonów, nie spowodował jednak większych szkód we wnętrzu katedry.
Wieża otrzymała swój obecny kształt dopiero w 1931.
Wyposażenie thumb|Fresk przedstawiający św. Michała Ważącego Ludzkie Dusze.