W 1511 Malakkę podbili Portugalczycy, zakładając tam kolonię. Synowie ostatniego sułtana Malakki założyli Sułtanat Perak i Sułtanat Johor. Rozpoczęła się rywalizacja między Portugalczykami oraz Sułtanatem Aceh i sułtanem Johoru o kontrolę nad cieśniną Malakka. Konflikt ten trwał do 1641 r., kiedy Holandia wraz z sułtanem Johoru przejęła kontrolę nad cieśniną. W 1786 roku Kompania Wschodnioindyjska otrzymała od sułtana Kedahu wyspę Penang.
W drugiej połowie XIX wieku wiele państewek malezyjskich prosiło o pomoc Wielką Brytanię w celu rozwiązania konfliktów wewnętrznych. Do początku XX w. stany Pahang, Selangor, Perak i Negeri Sembilan utworzyły Sfederalizowane Stany Malezji. Chociaż formalnie były suwerenne, to faktyczną władzę sprawowali brytyjscy rezydenci, mianowani jako doradcy miejscowych władców. Pozostałe stany: Johor, Kedah, Kelantan, Perlis i Terengganu utworzyły Niesfederalizowane Stany Malezji. Mimo że przyjęły one brytyjskich rezydentów, to nie podlegały bezpośrednio Londynowi. Stany Sabah i Sarawak były z kolei częścią Brytyjskiego Borneo Północnego. Brytyjczycy przejęli jednak kontrolę nad gospodarką i nałożyli podatki na towary eksportowe, tj. cynę i kauczuk, będące podstawą gospodarki Malajów.