Manuel Pérez Flores (ur. 22 stycznia 1980 w Guadalajarze) – meksykański piłkarz występujący najczęściej na pozycji defensywnego pomocnika, obecnie zawodnik Veracruz.
Kariera klubowa Pérez pochodzi z miasta Guadalajara i jest wychowankiem akademii juniorskiej tamtejszego zespołu piłkarskiego Club Atlas. W meksykańskiej Primera División zadebiutował za kadencji szkoleniowca Efraína Floresa – 10 listopada 2001 w przegranym 1:5 spotkaniu z Celayą. Fazę Verano sezonu 2002/2003 spędził na wypożyczeniu w drugoligowej filii Atlasu – Atlético Cihuatlán. Miejsce w wyjściowej jedenastce ekipy wywalczył sobie po przyjściu do klubu trenera Sergio Bueno, w fazie Clausura rozgrywek 2003/2004. 6 marca 2005, w przegranej 2:3 konfrontacji z Pumas UNAM, strzelił swojego pierwszego gola w najwyższej klasie rozgrywkowej. Już do końca swojego pobytu w Atlasie Pérez był podstawowym graczem drużyny, jednak nie osiągnął z nią większych sukcesów zarówno na arenie krajowej, jak i międzynarodowej.