W okresie II wojny światowej na terenie miejscowości istniały koncentracyjne obozy hitlerowskie i obóz jeńców radzieckich (od 8 października 1941 do wiosny 1942), oraz obóz pracy przymusowej w Szebniach (od 11 marca 1943 do 8 września 1944). Z początku, od października 1941, był to obóz koncentracyjny z barakami zbudowanymi przez jeńców dla Polaków, Żydów, Rosjan i innych. Wiosną 1942 utworzono tu obóz dla jeńców radzieckich, w którym zginęło około 4000 ludzi. Więźniów rozstrzeliwano w lesie, na przykład w Warzycach. Było to około kilka tysięcy osób: Żydów, jeńców radzieckich, partyzantów i dzieci z Zakładu Wychowawczego Ojców Bonifratrów w Iwoniczu.
W pobliskiej Dobrucowej masowo rozstrzelano około 3,5 tysiąca Polaków i Węgrów pochodzenia żydowskiego oraz ludność polską przywożoną spoza powiatu jasielskiego. Zwłoki palono na stosie, a prochy wrzucano do rzeki Jasiołka.
O obozie w Szebniach Wisława Szymborska napisała wiersz, który był drukowany w podręcznikach szkolnych.
W latach 1954–1972 wieś była siedzibą władz gromady Szebnie. W latach 1975−1998 miejscowość administracyjnie należała do województwa krośnieńskiego.