W 1778 r. zostały uruchomione warsztaty tkackie pasów kontuszowych, czyli tzw. persjarnia produkująca pasy jedwabne i lite. Ich założycielem był Aleksander Unruch. Persjarnia prowadzona była przez Christiana Bluma.
26 października 1794 r. stoczono tu przedostatnią bitwę insurekcji kościuszkowskiej z wojskiem rosyjskim. Bitwa pod Kobyłką zakończyła się porażką powstańców. Była to również ostatnia bitwa w polu, jaka odbyła się podczas insurekcji. Rosjanie stali w Kobyłce do 2 listopada, a dwa dni później dokonali Rzezi Pragi.
Zabory Po III rozbiorze Polski w 1795 r. Kobyłka trafiła pod zabór austriacki. W samej miejscowości znajdowały się austriackie komory celne. Tereny te weszły w skład nowego powiatu stanisławowskiego, należącego do cyrkułu (województwa) siedleckiego, stanowiącego część tzw. Nowej Galicji. W 1809 r. włączona w obszar Księstwa Warszawskiego. W 1813 r. do miasta dotarła nawiedzająca Warszawę powódź, zaś zgodnie z doniesieniami Kazimierza Władysława Wójcicka: