Przychylił się do zamachu 18 Brumaire. Pod Hohenlinden walczył pod dowództwem gen. Moreau. W 1802 posłany do Szwajcarii w poselstwie, po powrocie dowodził obozem pod Compiègne, potem pod Monteruil. W 1804 roku podniesiony przez samego cesarza Napoleona do rangi marszałka. W 1805 wygrał bitwę pod Elchingen, wymógł kapitulację Ulmu (jako jeden z kilku), zajął Tyrol. W wyprawie pruskiej walczył pod Jeną-Auerstedt, Magdeburgiem, Pruską Iławą, Frydlandem.
W 1809 walczył w Hiszpanii, gdzie brał udział m.in. w walkach o Ciudad Rodrigo, jednak szybko stamtąd odwołany wrócił do Francji i przez jakiś czas nie miał zajęcia. W marszu na Rosję dowodził III Korpusem, walczył pod Borodino (fr. bataille de la Moskova), za co otrzymał tytuł księcia MoskwyTytuł księcia Moskwy nawiązywał do bitwy pod Borodino (fr. bataille de la Moskova, czyli nad rzeką Moskwą), ale Napoleon ten tytuł przyznał Neyowi dopiero w marcu 1813, już po powrocie do Francji, gdy dowiedział się o heroicznych bojach marszałka w czasie odwrotu z Rosji. W polskiej literaturze i publicystyce często tytuł księcia Moskwy błędnie wiąże się z Moskwą, starą carską stolicą, zdobytą przez Francuzów. Taki błąd popełnia także Robert Bielecki w swojej biografii marszałka (Marszałek Ney, wyd. PIW 2018, s. 176–177)..