Wieża została zbudowana na wzór flandryjskich wież beffroi. W 1593 roku wieża została przykryta wysokim gotyckim hełmem, stanowiącym charakterystyczny element dawnej panoramy miasta.
Manierystyczna przebudowa w latach 1602–1605, z inicjatywy burmistrza Henryka Strobanda i według projektu Antoniego van Obberghena polegała na podwyższeniu gmachu o jedno piętro. Decyzję o przebudowie zatwierdziła Rada Torunia dnia 10 kwietnia 1602 roku. Remont budynku był konieczny z racji dużej roli, jaką pełnił on w tym okresie. Ratusz stanowił miejsce pobytu władców Rzeczypospolitej, obrad sejmu, sejmików generalnych Prus Królewskich. Podczas remontu wzorowano się na sztuce niderlandzkiej. We wnętrzu zamontowano nowe kominki i portale. Ich autorem jest prawdopodobnie gdańska rodzina van den Blocke. W latach 1602–1603 został ufundowany strop. Na nim znalazły się malowidła przedstawiające program przemian społecznych, religijnych i oświatowych prowadzonych przez Strobanda.