Po rewolucji lutowej 1917 i obaleniu caratu powrócił do Rosji. Istniały plany stworzenia w Piotrogrodzie polskiego Komitetu Wojskowo-Rewolucyjnego, któremu Pestkowski miał przewodniczyć. Pomysłodawcą był Julian Leszczyński „Leński”, ale sprzeciw rosyjskich działaczy komunistycznych zablokował realizację tej idei. W momencie bolszewickiego przewrotu wyznaczony wraz z Leszczyńskim do zajęcia piotrogrodzkiego Głównego TelegrafuStanisław Sławomir Nicieja „Julian – Leszczyński – Leński” Książka i Wiedza 1979, s. 112.. Od listopada 1917 wraz z grupą polskich rewolucjonistów jako reprezentanci SDKPiL został członkiem Wszechrosyjskiego Centralnego Komitetu Wykonawczego Rad (WCIK) – najwyższego organu władzy radzieckiejStanisław Sławomir Nicieja „Julian – Leszczyński – Leński” Książka i Wiedza 1979, s. 117.. 24 listopada 1917 za rekomendacją Wiaczesława Mienżynskiego Lenin mianował Pestkowskiego komisarzem Banku Państwowego o uprawnieniach prezesa. Celem tej nominacji było przeforsowanie zdobycia kapitału na potrzeby rozwoju ruchu komunistycznego, któremu sprzeciwiali się wysocy rangą urzędnicy sektora bankowego. Ponieważ ta forma zdobycia środków okazała się niemożliwa do realizacji, Pestkowski zasugerował pożyczkę 5 milionów rubli u jednego z polskich bankierów.