Pierwszy prototyp (SP-PAC) był gotowy na wiosnę 1958 r., jednak został oblatany dopiero 26 czerwca 1958 przez pilota Tadeusza Gołębiewskiego z powodu niedostarczenia zamówionego wcześniej silnika, drugi (SP-PBA) 13 września 1958 r. Próby fabryczne kontynuowano do 18 listopada. Wykazały one drobne uchybienia konstrukcyjne, które sukcesywnie usuwano. We wrześniu 1958 r. M-2 (SP-PAC) zaprezentowano na wystawie lotniczej w Warszawie, a w następnym roku M-2 (SP-PBA) został pokazany we Wrocławiu. Na wiosnę 1960 r. samolot przeszedł w Instytucie Lotnictwa ostateczne próby państwowe, które wykazały jego bardzo dobre własności lotne. W zabudowanym w obu prototypach silniku Praga M-208B „DorisB” przy prędkości powyżej 220 km/h wystąpiły jedak dość duże drgania przenoszące się na płatowiec, co w połączeniu z nieprzystosowanym silnikiem do lotu odwróconego ograniczały dość znacznie możliwości akrobatyczne M-2. Myślano o zastosowaniu rodzimego silnika WN-6, który mógł być zastosowany jako jednostka napędowa, jednak opóźnienie prac nad WN-6 (nigdy nie zostały ukończone) i zmiana wymagań stawianych samolotom szkolnym przez Aeroklub PRL (trzykołowe chowane podwozie z kółkiem przednim oraz bogate wyposażenia nawigacyjne) stało się przyczyną przerwania prac nad samolotem M-2 i nie skierowania go do produkcji.