W chwili wybuchu II wojny światowej „York” znajdował się w składzie 8. Eskadry Krążowników na wodach Indii Zachodnich (wraz z HMS „Berwick”, HMAS „Perth” i HMS „Orion”). Służył następnie w eskorcie konwojów atlantyckich, stacjonując głównie w Halifaksie. 5 października 1939 roku utworzył wraz z „Berwickiem” Zespół F (Force F), mający uczestniczyć w poszukiwaniach niemieckich rajderów – „pancerników kieszonkowych” „Admiral Graf Spee” i „Deutschland”, oraz niemieckich statków handlowych usiłujących przedrzeć się do portów RzeszySławomir Brzeziński: Brytyjski krążownik ciężki HMS York, s. 5., lecz faktycznie krążowniki zespołu były nadal używane do eskorty konwojów na północnym Atlantyku. Między grudniem 1939 roku a 10 stycznia 1940 roku „York” był remontowany w Liverpoolu, po czym wszedł w skład 1. Eskadry Krążowników w Rosyth, patrolując północne przejście na Atlantyk między Szetlandami a Islandią (tzw. „patrol północny” – Northern Patrol).