Wody mały|Salar de Uyuni Większość powierzchni kraju należy do zlewiska Oceanu Atlantyckiego, jedynie obszar śródgórski, płaskowyżów Altiplano na zachodzie kraju – to region bezodpływowy. Boliwia posiada dobrze rozwiniętą sieć rzek. Gęsta sieć rzeczna obejmuje północną i wschodnią część kraju, która leży w dorzeczu Amazonki. Głównymi rzekami kraju są: Mamoré, Beni i Guaporé. Najdłuższą jest Mamoré, która liczy 1900 km. Przez Altiplano płynie tylko jedna większa rzeka – Desaguadero, długa na 297 km i wypływająca ze znajdującego się na wysokości 3812 m n.p.m. jeziora Titicaca.
Na obszarze kraju występują jeziora, które skupiają się w północnej części kraju, w obrębie dorzecza Amazonki. Największym jeziorem jest wspomniane wyżej Titicaca, leżące na granicy boliwijsko-peruwiańskiej. Całe jezioro ma powierzchnię 8100 km², jednakże jedynie jego południowo-wschodnia część leży w granicach kraju. Jezioro to ma głębokość do 304 m. Pomijając Titicaca, którego większa część leży na obszarze Peru, największy zbiornik wodny w całości leżący na terenie Boliwii to – Lago Poopó. Jezioro to o powierzchni 2530 km², leży na południowy wschód od Titicaca i jest bardzo płytkie. Jego maksymalna głębokość wynosi 3 m. W południowo-zachodniej części Altiplano znajdują się rozległe solniska z których największe to Salar de Uyuni i Salar de Coipasa.