Sytuacja modraszka nausitousa w Polsce jest lepsza niż w większości krajów zachodniej Europy, należy jednak spodziewać się jej pogorszenia ze względu na obserwowane zmiany profilu rolnictwa. Podstawowym zagrożeniem dla tego gatunku są przemiany środowisk w których żyje spowodowane odchodzeniem od tradycyjnego sposobu zagospodarowania łąk. Szczególnie groźna jest intensyfikacja gospodarki łąkarskiej (zbyt wczesne i zbyt częste koszenie). Również długotrwałe nieużytkowanie łąk zasiedlonych przez modraszka nausitousa stanowi dla niego zagrożenie prowadząc do uruchomienia procesów sukcesji (zarastanie krzewami i drzewami). Zmiany takie prowadzą do przekształcenia struktury zbiorowisk roślinnych, ustępowania rośliny żywicielskiej oraz gatunku mrówki gospodarza co w końcu prowadzi do zaniku populacji samego motyla. Innym zagrożeniem jest nadmierne osuszanie łąk spowodowane obecnością lub budową nowych systemów melioracyjnych. Dodatkowym czynnikiem zmniejszającym liczbę siedlisk modraszka nausitousa są zmiany sposobu wykorzystania terenów zajmowanych przez wilgotne łąki, na przykład przeznaczanie ich na grunty orne lub pod zabudowę.