Wody Gujana Francuska należy do zlewiska Oceanu Atlantyckiego. Sieć rzeczna jest gęsta i zasobna w wodę co jest odzwierciedleniem klimatu, jaki panuje w tym regionie. Rzeki nie są zbyt długie i wszystkie płyną w kierunku północnym. Największymi są: Oyapock (Oiapoque), która jest rzeką graniczną z Brazylią, Maroni (Marowijne), graniczna z Surinamem, Inini, Sinnamary i Approuague. Rzeki te mają duży potencjał hydroenergetyczny. W ujścia rzek, a także w wielu miejscach wybrzeża licznie występują bagna.
thumb|240px|Las tropikalny
Gleby Niemal cały obszar Gujany Francuskiej pokryty jest typowymi dla klimatu równikowego czerwono żółtymi glebami. Są to gleby laterytowe, na których rośnie las tropikalny. Gleby te są bardzo podatne na erozję, którą nasila jej odsłonięcie w wyniku karczowania porastających lasów. W sąsiedztwie rzek występują żyzne gleby aluwialne, a tereny nadmorskie miejscami są pokryte przez gleby bagienne.