W letnim oknie transferowym 2004 roku Güneş odszedł z Fenerbahçe do innego stambulskiego klubu, Beşiktaşu JK. W nim zadebiutował 7 sierpnia 2004 w zremisowanym 1:1 wyjazdowym meczu z Malatyasporem. Jedynym sukcesem Güneşa wywalczonym z Beşiktaşem było wicemistrzostwo Turcji w 2007 roku.
Latem 2007 Güneş ponownie został piłkarzem Freiburga i grał w nim przez 2 sezony w 2. Bundeslidze. W 2009 roku wrócił do ligi tureckiej i został zawodnikiem klubu Kasımpaşa SK, w którym swój debiut zanotował 9 sierpnia w spotkaniu z Bursasporem (1:2). W Kasımpaşie grał przez jeden sezon, a w 2010 roku odszedł do Bucasporu, w którym zadebiutował 16 października w meczu z Gaziantepsporem (0:2).
Sezon Klub Kraj Rozgrywki Mecze Bramki 1997/98 SC Freiburg
2. Fußball-Bundesliga 13 2 1998/99 SC Freiburg
Bundesliga 32 4 1999/00 SC Freiburg
Bundesliga 14 2 2000/01 Fenerbahçe SK
Süper Lig 26 4 2001/02 Fenerbahçe SK
Süper Lig 20 0 2002/03 Fenerbahçe SK
Süper Lig 23 1 2003/04 Fenerbahçe SK
Süper Lig 22 0 2004/05 Beşiktaş JK
Süper Lig 26 2 2005/06 Beşiktaş JK
Süper Lig 23 1 2006/07 Beşiktaş JK
Süper Lig 4 0 2007/08 SC Freiburg
2. Fußball-Bundesliga 18 3 2008/09 SC Freiburg
2.