W 1645 archimandryta Jonasz zainicjował rozbiórkę soboru z XV wieku, który zastąpiono nową, potężniejszą świątynią z pięcioma kopułami; budowę zakończono już w czasie sprawowania urzędu przez następcę Jonasza Nikona. Wnętrze soboru zostało udekorowane freskami. Obok wizerunków świętych wykonujący dekorację malarze umieścili postacie Homera, Orfeusza, Platona oraz innych filozofów i twórców antycznych. Umieszczając ich wizerunki poniżej postaci świętych, pragnęli ukazać niższość osiągnięć cywilizacji pogańskich w porównaniu z chrześcijaństwem. Gotowa cerkiew, pod wezwaniem Przemienienia Pańskiego, została poświęcona 19 września 1649. W roku następnym książę Czerkasski ufundował dla klasztoru cerkiew św. Mikołaja, zaś w latach 1673–1675 powstała cerkiew Opieki Matki Bożej.
W latach 1758–1784 z przerwami wywołanymi brakiem funduszy wznoszona była, według projektu Iwana Żerebcowa, dzwonnica monasterska, której architektura naśladuje wygląd dzwonnicy ławry Troicko-Siergijewskiej. Łączna wysokość wieży to 78 metrów. W latach 1791–1795 w północno-zachodnim narożniku murów obronnych soboru wzniesiono, na miejscu starszej cerkwi, cerkiew Ikony Matki Bożej „Znak”, służącą jako kaplica grobowa rodziny Szeremetiewów. Jej projektantem był J. Nazarow.