Gruntowne rekonstrukcje na terenie chramów były dokonywane ponad 20 razy.
Zwiedzanie obiektu odbywa się wzdłuż szerokich alei, wśród strzeliście wysokich na kilkadziesiąt metrów drzew kryptomerii japońskiej (sugi), zwanej także cedrem japońskim. Część z nich, istniejąca do dziś, była sadzona około 400 lat temu w ciągu 20 lat przez daimyō, Masatsunę Matsudaira, który służył Ieyasu. Podarował on Nikkō Tōshō-gū 200 tys. tych drzew. Obecnie jest to „Cedrowa Aleja Nikkō” (ang. Nikko Cryptomeria Avenue) o długości 35 km, składająca się z trzech części zbiegających się w Imaichi (w 2006 r. miejscowość została włączona do Nikkō). Jest ona wpisana do „Księgi rekordów Guinnessa” jako najdłuższa wysadzana drzewami aleja świata.
Teren kompleksu wznosi się łagodnie ku górze. Poznając poszczególne obiekty, z których każdy kolejny jest położony nieco wyżej poprzedniego, dociera się do miejsca usytuowanego najwyżej, gdzie znajduje się grobowiec Ieyasu. Jest to ogromna, brązowa urna przykryta niewielkim dachem.
Najsłynniejszym elementem kompleksu jest bogato zdobiona złotem brama Yōmei-mon (Brama Światła Słonecznego), znana także jako „Higurashi-no-mon” (Brama Zmierzchu).