Sobór biskupów nowo powołanej struktury miał miejsce 30 września 1940. Udział w nim wzięli metropolita Dionizy oraz biskup Tymoteusz, którzy zdecydowali o podzieleniu Kościoła na trzy diecezje: warszawsko-radomską, chełmsko-podlaską oraz krakowsko-łemkowską. Zarząd pierwszej z nich objął metropolita. Na pozostałe katedry wyznaczono ukraińskich działaczy narodowych, którzy złożyli śluby zakonne: Hilariona (Ohijenkę) oraz Palladiusza (Widybidę-Rudenkę). Kandydaci na duchownych Kościoła mieli kształcić się w seminariach duchownych w Warszawie i w Chełmie (pierwsze działało od 1942 do 1944, drugie – od 1943 do 1944).
Metropolita Dionizy (Waledyński) był przekonany o tym, iż państwo polskie zostało w II wojnie światowej ostatecznie pokonane i już się nie odrodzi, co skłoniło go do poparcia ukraińskich kół narodowych i nadania Autokefalicznemu Kościołowi Prawosławnemu w Generalnej Guberni charakteru ukraińskiego. Język ukraiński był wprowadzany do nabożeństw, prasy i literatury cerkiewnej oraz do kontaktów hierarchii z wiernymi. Największe postępy ukrainizacji odnotowano na terenie diecezji chełmsko-podlaskiej, kierowanej przez jej głównego orędownika – arcybiskupa, zaś od 1944 metropolitę Hilariona. W pozostałych diecezjach, z powodu mniejszej liczby Ukraińców, polityka ta wprowadzana była z mniejszym sukcesem.