Zajmował się także, jak to sam określił, zadaniami poufnej i delikatnej natury, zlecanymi mu przez rząd.

Problemy SDECE Po objęciu władzy we Francji przez Georges'a Pompidou w 1969 nowy prezydent nosił się z poważnym zamiarem rozwiązania niecieszącej się dobrą opinią SDECE; Marenches wyperswadował mu jednak ten pomysł i w konsekwencji sam został mianowany dyrektorem generalnym agencji. W chwili objęcia przez niego stanowiska szefa SDECE przypominała raczej organizację przestępczą i to na dodatek spenetrowaną na wylot przez agentów wywiadów krajów socjalistycznych, m.in. Związku Radzieckiego (I Zarządu Głównego KGB) i Polski (Departamentu I MSW).

Marenches stwierdził później, że:

Część agentów zajmowała się handlem tajnymi dokumentami, narkotykami i bronią, inni uwikłani byli w kidnaperstwo, morderstwa i wszelkiego rodzaju krwawe porachunki.

Jeffrey Richelson w wydanej w 1988 pracy pt. Foreign Intelligence Organizations pisze:

Personel, jakim Marenches dysponował, obejmował nader szerokie spektrum typów ludzkich – od gangsterów i faszyzujących gaullistów poczynając, na niekompetentnych wojskowych i agentach radzieckich kończąc.