26 czerwca odszedł do Mazowieckiej Szkoły Podchorążych Rezerwy Artylerii w Zambrowie na ośmiotygodniowe oficerskie ćwiczenia wojskowe. 19 sierpnia powrócił z ćwiczeń i objął funkcję pełniącego obowiązki dowódcy 3 kompanii Grupy Rez. Pol. Na tym stanowisku wziął udział w kampanii wrześniowej. Wycofywał się wraz ze swoim pododdziałem poprzez Lubelszczyznę w kierunku granicy polsko-węgierskiej, którą przekroczył 23 września.
Udział w wojnie obronnej i jednostkach polskich na Zachodzie Po ucieczce w marcu 1940 r. z obozu internowania na Węgrzech, dostał się przez Jugosławię i Włochy do Francji, gdzie wstąpił do 4 pułku artylerii ciężkiej. Został dowódcą baterii artylerii. Kiedy w czerwcu 1940 r. Francja skapitulowała, J. Piwnik na czele oddziału skupiającego rozbitków z różnych polskich jednostek, na jednym z ostatnich statków przedostał się do Wielkiej Brytanii. Został wcielony do dywizjonu artylerii w 4 Brygadzie Kadrowej Strzelców. Następnie przeniósł się do 1 Samodzielnej Brygady Spadochronowej.