We wrześniu 2009 roku podpisał kontrakt z klubem Melbourne Victory, również z A-League. Pierwszy ligowy mecz zaliczył tam 13 września 2009 roku przeciwko Wellington Phoenix (1:1). W 2010 roku wywalczył z zespołem wicemistrzostwo Australii. Rok później zdecydował się na wyjazd do Europy, gdzie związał się kontraktem z klubem 2. Bundesligi – Fortuna Düsseldorf. Już w pierwszym sezonie awansował ze swoim klubem do 1. Bundesligi. W sezonie 2012/2013 należał do zawodników wyróżnianych wysoką liczbą fauli wymuszonych na przeciwnikach, sprowokował ich 104. 13 kwietnia 2013 roku ogłoszono transfer Kruse do Bayeru 04. W 2014 roku doznał zerwania więzadła krzyżowego przedniego (ACL), co wykluczyło go z gry na wiele miesięcy i uniemożliwiło udział w mistrzostwach świata 2014. W 2015 roku wyznał sam, że uraz odniósł podczas treningu w końcowej fazie zajęć. W Bayerze nie był zawodnikiem pierwszego wyboru, w związku z czym ostatniego dnia okienka transferowego latem 2015 roku trafił na wypożyczenie do VfB Stuttgart. Umowę rozwiązano 1 lutego 2016 roku, a zawodnik trafił do chińskiego klubu Liaoning Whowin. W maju 2017 roku zawodnik odszedł z tego klubu, w związku z nieotrzymywaniem wynagrodzenia za grę.