Od czerwca 1457 roku starostą malborskim był starosta generalny Wielkopolski Ścibor Chełmski z Ponieca, a po nim od października 1459 roku król mianował jednocześnie dwóch dowódców w zamku: wojewodę inowrocławskiego Jana Kościeleckiego i Prandotę Libiszowskiego. Do czasu przejęcia przez nich obowiązków załogą zamku dowodził gubernator Prus Jan Bażyński. W dniu 25 kwietnia 1476 roku na zamku odbył się zjazd, w którym wzięli udział król Kazimierz Jagiellończyk i m.in. jego syn – późniejszy święty Kazimierz. W 2 poł. XVI wieku główna wieża otrzymała zegar i hełm renesansowy.