W połowie XVII w. budowlę zajął Aleksander Kostka-Napierski w czasie swojego powstania, a kilka lat później, w czasie potopu szwedzkiego, ukrywał się tu Jan II Kazimierz Waza. W latach 30. XVIII w., podczas wojny o sukcesję polską, zamek został spustoszony przez Kozaków. Pod koniec XVIII w. w pobliżu okopali się konfederaci barscy.
Ostatnim starostą był w latach 1763–1797 Józef Makary Potocki, który nie dysponował środkami potrzebnymi na remont zamku, już wówczas będącego w słabym stanie. Kiedy zmarł, budowlę przejął urząd austriacki i odsprzedał rodzinie hrabiów Drohojowskich, również nieposiadającej pieniędzy na konserwację budowli, która stopniowo popadła w ruinę.
Ciekawa historia i malowniczy wygląd ruin sprawiły, że obrosły wokół niej legendy i stała się inspiracją dla artystów, zwłaszcza w epoce romantyzmu. Ze względu na unikalny mikroklimat już w pierwszej połowie XX w. utworzono tu rezerwat, a w latach 90. XX w. tereny wokół reliktów włączono do Pienińskiego Parku Narodowego. Zamek Czorsztyn został w 1968 r. wpisany do wojewódzkiego rejestru zabytków.