W lektorium po stronie północnej zamontowano nowy instrument o randze organów głównych za prospektem składającym się z samych piszczałek. Zbędne piszczałki przeniesiono do organów w prezbiterium i organów św. Michała. Wszystkie organy zintegrowano w jeden zespół ze wspólnym stołem gry, ustawionym w prezbiterium. Nie udało się jednak zapobiec opóźnieniom w transmisji dźwięków, co prowadziło do ich nieklarowności i dysonansów brzmieniowych.
W wyniku wojennych uszkodzeń cały zespół działał coraz bardziej wadliwie. Na początku lat 60. podjęto więc decyzję o budowie nowych instrumentów. Miały to być cztery instrumenty ustawione w tych częściach katedry, w których znajdowali się ich poprzednicy i połączone, jak dotychczas, wspólnym stołem gry.
Przy budowie organów nawy głównej nawiązano do starych szkiców i usytuowania organów Eberta z 1545. Organy, zbudowane przez zakład organmistrzowski Marcussen & Søn, otrzymały mechaniczną trakturę gry i brzmienie wzorowane na tym, które istniało w epoce baroku. Organy ustawiono w miejscu uważanym tradycyjnie za najbardziej korzystne pod względem akustycznym. W prezbiterium przy ścianie północnej wstawiono organy bez mechanicznego stolu gry.