Od sierpnia 1943 do sierpnia 1945 pracowała jako pomoc lekarska w klinice okulistycznej w Austrii.
Po zakończeniu wojny, za sprawą dwuletniego doświadczenia pracy w szpitalu, postanowiła podjąć studia medyczne na Uniwersytecie Wiedeńskim. W maju 1947 przerwała studia i powróciła wraz z rodziną do Polski. Przez krótki czas mieszkała w Krakowie, początkowo w hotelu, następnie przy ul. Kopernika, podczas gdy jej rodzice starali się o odzyskanie zajętych przez państwo dóbr żywieckich. Przez dwa lata kontynuowała podjęte studia medyczne, tym razem na Uniwersytecie Jagiellońskim. Przerwała je po raz kolejny, tym razem z powodu przeprowadzki do Szwecji. W międzyczasie, w 1949 roku, potomkowie Karola, którzy utracili habsburski tytuł arcyksiążęcy (w tym Maria Krystyna), otrzymali tytuł książąt Altenburga nadany im przez arcyksięcia Ottona von Habsburga, głowę rodziny Habsburgów.
Kilka lat (od 1951) mieszkała w Szwecji, ojczyźnie matki, później zaś przez około 40 lat w Szwajcarii. Kiedy stwierdzono u niej gruźlicę, zamieszkała początkowo w sanatorium w Davos, a następnie, aż do momentu powrotu do Polski, w pensjonacie dla chorych Alpina. W 1970 została przyjęta do Zakonu Polskich Kawalerów Maltańskich w Rzymie.