Operacje na południowym Pacyfiku Przez resztę 1944 okręt operował w rejonie wybrzeża Nowej Gwinei, odwiedzając takie porty jak Madang, Hollandia, Sansapor, Mios Woendi, Biak i Morotai. 31 października, przy pomocy dział portowych, okręt walczył z czterema japońskimi samolotami atakującymi Soemoe Island, Morotai. Zestrzelił dwa samoloty (trzeci prawdopodobnie).
Służba w filipińskich siłach inwazyjnych Od 7 stycznia do 14 lutego 1945 „Seekonk” zaopatrywał dużą grupę jednostek amfibijnych, które miały być użyte do ataku na Luzon i inne filipińskie wyspy. 18 lutego okręt holując armijną łódź „N6-1” zajął pozycję w konwoju GI 11-(A) płynącym do Leyte. Do San Pedro Bay na Filipinach dotarł 4 marca.
Dalsza służba w czasie wojny „Seekonk” operował w rejonie Filipin do zakończenia walk w sierpniu. W czasie tego okresu okręt pełnił rolę zbiornikowca portowego na Mindoro, w Subic Bay i zatoce Lingayen. Od 28 sierpnia do 9 października zaopatrywał Task Group 71.2, gdy ta była zaangażowana w oczyszczanie alianckich i japońskich pól minowych w rejonie podejść do Szanghaju.