Po długim postoju w basenie portowym w Saint-Nazaire, wobec klęsk wojskowych ponoszonych na froncie, „Pasteur” przeszedł do Brestu, gdzie został załadowany rezerwami złota i 2 czerwca 1940 roku wysłany do kanadyjskiego Halifaksu.
Po klęsce Francji liniowiec został przejęty pod banderę brytyjską, jako transportowiec wojska. Przez okres wojny formalnym operatorem statku był Cunard-White Star. W ciągu kolejnych pięciu lat „Pasteur” przetransportował około 300 000 żołnierzy, przepływając 370 000 mil morskich. Dzięki dużej prędkości mógł pływać samodzielnie, poza systemem konwojów. 4 września 1942 roku, płynąc z Kapsztadu do Rio de Janeiro, został zaobserwowany przez załogę niemieckiego rajdera „Stier”, którego dowódca nawet nie próbował podjąć pościgu. Działalność statku podczas wojny została uhonorowana przez rząd francuski nadaniem Croix de Guerre. W czerwcu 1945 roku powrócił pod banderę francuską, a 11 kwietnia 1946 roku do przedwojennego armatora. Był wykorzystywany do 1956 roku, kiedy odstawiono go z powodu zużycia.