Od 1 kwietnia 2009 roku Instytut działa jako państwowa jednostka budżetowa podległa Ministerstwu SprawiedliwościZarządzenia Ministra Sprawiedliwości z dnia 10 marca 2009 roku w sprawie utworzenia Instytutu Ekspertyz Sądowych im. prof. dra Jana Sehna w Krakowie (Dz. Urz. Min. Sprawiedl. Nr 3, poz. 12).. Patronem Instytutu jest Jan Sehn.
Działalność Instytutu Przedmiotem działalności Instytutu jest m.in.: Opracowywanie ekspertyz i wydawanie opinii na zlecenie sądów, prokuratur oraz innych podmiotów uprawnionych do prowadzenia postępowań na podstawie ustaw; Prowadzenie badań naukowych oraz prac rozwojowych w zakresie nauk sądowych oraz przystosowywanie wyników badań naukowych i prac rozwojowych do zastosowania w praktyce, w szczególności do opracowywania ekspertyz oraz wydawania opinii na potrzeby organów ścigania i wymiaru sprawiedliwości; Działalność szkoleniowa i edukacyjna oraz prowadzenie doskonalenia zawodowego, między innymi poprzez popularyzację wiedzy na temat możliwości badawczych współczesnych nauk sądowych, szczególnie wśród prawników i praktyków wymiaru sprawiedliwości, a także kształcenie kadr naukowych oraz biegłych sądowych; Opracowywanie i wdrażanie standardów pracy laboratoriów sądowych i biegłych sądowych;